Kétszáz évvel ezelőtt Vályi András a Magyarország leírása című munkájában írja: „Nevezetének eredetében meg nem egyeznek a tudósok, sokan magyar eredetűnek állítják, mások ellenben rátz vagy tót szónak... A tatárok is Balatonnak nevezték... A híres magyar történetek írója,

Turótzi János Palatinus tónak nevezi.” A legelfogadottabb vélemény szerint a mocsár, sekély tó jelentésű szláv blato, vagy blatn szóból eredeteztethető a Balaton neve. A néveredetnél is nagyobb talány a Balaton keletkezése. Többféle elmélettel is lehet találkozni. Ezeket a kaposvári Munkácsy Gimnázium néhai igazgatója, Lóczy István foglalta össze.  A Balaton kialakulásának idejét a pliocén végére, a pleisztocén elejére tette. Szerinte a tó 5-600 ezer éves.

A tó medencéje süllyedéssel keletkezett úgy, hogy először bezökkent az egymástól függetlenül létező négy árok. Közöttük alacsony hátak húzódtak választóvonalként. Ezek elmosása után lett egységes a Balaton medencéje. Cholnoky Jenő véleménye a tó korát illetően azonos Lóczy Lajos felfogásával, de keletkezését más tényezők szerepének tulajdonítja. Szerinte a hosszanti partvonalak és a közelükben húzódó törés mentén történt a süllyedés, és a tómedence kialakításában a szél munkájának (defláció) nagyon fontos szerepe volt. Bulla Béla a Balaton kialakulását a riss-würm utolsó interglaciális idejére – kb. 150 ezer év – teszi, ami az említettektől eltérően jóval fiatalabb kort jelez. Ezt a megállapítást támasztja alá Kéz Andor kutatása is. Bulla Béla szerint a Balaton medencéje a törésvonalak mentén, többszörös bezökkenéssel alakult ki.

Zólyomi Bálint virágporelemzésének eredményeként a Balaton keletkezését a würm időszak végére teszi, amely hozzávetőlegesem 20-30 ezer évvel ezelőtt mehetett végbe. Dümeghy József szerint a tó medencéje a földtörténet jelenkorában keletkezett. A fiatal süllyedék 15 ezer éves lehet. A legújabb kutatások, elemzések eredményei - Marosi Sándor és Szilárd Jenő kutatásai - szerint a Balaton medencéje több fázisban keletkezett, poligenetikus, időben és térben változónak tekinthető. Ők a vízzel borított medence kialakulását 25 ezer évvel ezelőttre teszik.”